Bioinformatička Viera Kováčová: Pomáhala vedcom pri vývoji slovenského testu na COVID-19

bioinformatička viera kováčová
Čas čítania: 5 min

Šalianka Viera Kováčová pracuje ako bioinformatička. Po gymnáziu v Šali študovala v Českej republike a už počas štúdia pracovala pre Biofyzikálny ústav AV ČR v Brne. V súčasnosti pôsobí v Nemecku a na Slovensku sa podieľala na vývoji slovenského testu na COVID-19. Pre náš mesačník prezradila, čo všetko je súčasťou jej práce, ako vníma situáciu s vedou na Slovensku a ako sa dostala k vývoju testu na COVID-19.

Čo sa dočítate:

  • Prečo sa rozhodla nevyštudovať medícínu, ale prešla na  študium biotechnológií?
  • Ako sa dostala k práci v Nemecku? 
  • V čom spočíva práca bioinformatičky?
  • Na akých projektoch a s kým v súčasnosti spolupracuje?
  • Prečo sa vrátila na Slovensko?
  • Ako pomáhala pri vývoji slovenského testu na COVID-19?
  • Aký má názor na ochorenie COVID-19?
  • Čomu sa venuje vo voľnom čase?
  • Aký má názor na situáciu s vedou na Slovensku?
  • Čomu sa venuje jej združenie ŽijemVedu?

Po skončení gymnázia v Šali chcela študovať medicínu so zámerom pracovať vo výskume. Na medicínu nakoniec nastúpila, no ako sama priznáva, po čase zistila, že nekonečné memorovanie nebolo pre ňu to, čo hľadala.

„V dobe, keď som si vyberala vysokú školu, bol prístup k informáciám oveľa horší ako dnes. Nemala som prehľad o rôznych vedeckých disciplínach, ktoré sa dali študovať, o možnostiach ísť ďalej na západ a žiadať štipendium. Po nastúpení na medicínu v Brne, som zistila, že mi chýba možnosť veci poriadne pochopiť na molekulárnej i fyzikálnej úrovni,“ hovorí v úvode nášho rozhovoru. Práve túžba zistiť viac ju dohnala k tomu, že prestúpila na VUT v Brne a začala študovať biotechnológie.

Ku koncu bakalárskeho štúdia sa dostala do českého Biofyzikálneho ústavu, AV ČR v Brne. Pomohol jej profesor Boris Vyskot, ktorého nazýva svojím mentorom. „Fascinovala ma schopnosť jednej baktérie meniť genóm rastlín (hračka prírody, samozvaný bakteriálny bio-inžinier). Boris mi umožnil tento proces študovať. Stal sa mojim mentorom, pod jeho vedením som robila aj doktorandskú prácu. Umožnil mi absolvovať niekoľko zahraničných stáží. Zistila som, že mi viac vyhovuje analýza dát na počítači ako lámanie mojich nezručností v laboratóriu,“ rozpráva o tom, ako sa dostala k tomu, čo robí dnes.


JansHut_prep - s kolegami pri prípave kreatívneho klobúka pre študenta, ktorý končí PhD. štúdium. Túto nemeckú tradíciu mám veľmi rada. Kobúk má byť vtipný a vystihovať profesné i osobné záujmy a vlastnosti budúceho nositeľa titulu PhD.
JansHut_prep – s kolegami pri prípave kreatívneho klobúka pre študenta, ktorý končí PhD. štúdium. Túto nemeckú tradíciu má veľmi rada. Kobúk má byť vtipný a vystihovať profesné i osobné záujmy a vlastnosti budúceho nositeľa titulu PhD.

Práca so zahraničnými expertmi

Poslednú stáž v rámci štúdia absolvovala v Konstanz v Nemecku. Tam si uvedomila, že  pre jej posun v profesii bude lepšie, ak zostane v zahraničí. Dostala ponuky z Anglicka i USA, kvôli partnerovi sa nakoniec rozhodla pre Nemecko, kde získala ponuku zamestnať sa ako hlavná bioinformatička pre veľký projekt zaoberajúci sa evolúciou.

„V novej práci som stretla dvoch super šéfov a našla si úžasnú mentorku – prof. Jane Parker z Max Planck Inštitútu. V CECAD (voľný preklad: Centrum excelencie pre výskum starnutia a s ním spojených chorôb v Kolíne nad Rýnom) som spolupracovala so šéfom, prof. Andreasom Beyerom, ktorý je expert na systémovú biológiu. Potom som sa presunula do skupiny prof. Michaela Lässiga – teoretický fyzik s expertízou na krátkodobú evolúciu. U neho momentálne stále pôsobím,“ hovorí o aktuálnom pôsobení.

Tak ako mnohí Slováci v zahraničí aj Viera po čase cítila, že by sa rada vrátila domov na Slovensko. A tak momentálne pracuje od marca v Nemecku na skrátený úväzok a začala pracovať aj pre slovenský MultiplexDX u doktora Pavla Čekana. „Na Slovensku sa budem bioinformaticky venovať špecifikám rakoviny prsníka a pomáhať pri zlepšovaní jej diagnostiky,“ hovorí pre náš mesačník.


Viera Kováčová sa rada vracia do prírody v rodnom meste
Viera Kováčová sa rada vracia do prírody v rodnom meste

Vo voľnom čase sa rada venuje turistike a svoj čas najradšej trávi v prírode.

Výskum rastlinnej imunity, chrípky, HIV i rakoviny

Viera má niekoľko projektov, na ktorých v súčasnosti pracuje. „Vždy sa snažím pristupovať k projektu maximálne nestranne a profesionálne. Pracujem na miešaní bakteriálnych genómov (horizontálny génový prenos), čo je dôležité kvôli narastajúcej odolnosti baktérií (vzniku bakteriálnych super-zloduchov). Pracujem na objasnení rastlinnej imunity, aby sa podarila zvýšiť výťažnosť plodín a zabránilo sa patogénom zničiť veľkú časť úrody (super-rastliny). S kamoškou Dr. Fernandou Pinheiro (Brazílčanka v Nemecku) riešim evolúciu kvasiniek a vznik hybridov,“ opisuje s vášňou jej pracovné projekty.

Projekty, pri ktorých spolupracuje so zahraničím, napríklad s USA, Japonskom či Brnom, sa týkajú evolúcie.  „Som veľký fanúšik medzinárodných skupín a projektov. A rada spolupracujem so ženami vedkyňami,“ priznáva. V skupine vedcov, kde aktuálne pôsobí pomáha aj pri riešení chrípky, HIV, rakoviny – z hľadiska evolúcie i imunity.

Veľký Rozsutec - keď mám čas a som na Slovensku, vdžy sa veľmi teším na turistiku
Veľký Rozsutec – keď má čas a je na Slovensku, vdžy sa teší na turistiku

So slovenskými vedcami pomáhala zostaviť slovenský test na COVID-19

Najaktuálnejším projektom bol výskum vírusu sars2 a ochorenia COVID-19, ktoré trápi celý svet. „Pomáhala som trošku aj doktorovi Čekanovi pri navrhovaní slovenských testovacích sád. Vďaka mojej nemeckej skupine mám prístup k obrovskému množstvu sekvencií vírusov. Môžem sa teda pozrieť, kde sa sústredia mutácie, vyhodnotiť kvalitu každého sekvenovaného vírusu a overiť, či navrhované komponenty slovenského testu budú plne funkčné a pekne „sedieť“ tam, kde majú,“ hovorí o tom, čo je jej úlohou v tíme pracovníkov, ktorí pracovali na zostavení slovenského testu na COVID-19.

Akadémia nemá prístroje, lebo sú drahé, na Slovesnku sa do vedy a výskumu nedávajú dlhé roky financie. Do pomoci sa preto pridala aj úspešná slovenská spoločnosť ESET. „Keď sú financie – čo v prostredí slovenskej akadémie je skôr unikát –  tak ide všetko rýchlejšie. Vďaka Esetu je schopný MultplixDX syntetizovať súčasti testu v tisícových množstvách za deň,“ rozpráva o procese.

Spomalenie podľa jej slov prichádza vo fáze overovania kvality kvôli certifikátu. Problémom sú aj odberové sady a ďalšie chemikálie, v rovnakej situácii ako Slovensko sú ale aj zahraničné štáty a vedecké skupiny. Preto sa každý snaží inovovať a overovať. „Žiaľ na túto situáciu sa bol schopný pripraviť málokto,“ dodáva Šalianka.

V čom spočíva vaša práca bioinformatičky?

Som vlastne „ajťák“, len na vstupe nemám ekonomické, marketingové, bezpečnostné  dáta, ale biologické. Programujem, skriptujem, robím predikcie. Dôležitá je spolupráca s teoretikmi aj skupinami zameranými na prácu v laboratóriu. Pracujem so sekvenciami DNA, RNA a proteínmi. Pomáhame vedcom, ktorí pracujú so živými organizmami, pochopiť ich výstupy, dáta a prepojiť to s fyzikou a matematikou.

 

Vstupné dáta sú biologické dáta, kde my ako bioinformatici hľadáme mutácie, aby sme napríklad nastavili správne personalizovanú liečbu rakoviny, HIV, chrípky. Bioinformatika je dôležitá pre pre výskum rastlín a živočíchov, ale aj pre nás ľudí v rámci našej evolúcie.

 

V spolupráci s vedcami hľadáme pôvod choroby a jej spôsoby liečby. Bioinformatika je na Slovensku stále v plienkach – nielen, čo sa týka jej štúdia na VŠ, ale aj „core facility“ na vedeckých inštitúciách a v nemocniciach. V nemocniciach sme dôležití kvôli napredovaniu v personalizovanej medicíne, pri správnej diagnostike, pri výskume vzácnych ochorení a nastavovaniu optimálnych liečebných postupov.


VieraKovacova_bioinf_pict a bioinformatics_ilustracny_obr - aj takto vypadajú niektoré moje výstupy z analýz
Takto vypadajú niektoré výstupy z analýz

Ľudia majú tendenciu volať každé ochorenie dýchacích ciest chrípkou

Ľudia zo začiatku porovnávali COVID-19 s chrípkou, mnohí z nich to robia dodnes. Situácia sa ale za ten čas zmenila a závery ešte nie sú stopercentné. „Ľudia bežne každé ochorenie dýchacích ciest volajú chrípka. Náš mozog asi lepšie prijíma nové veci, ak si vieme urobiť asociácie a porovnanie. Tiež takto fungujem. Odborné hľadisko vám poviem možno o polroka, stále chýba množstvo dát – o sezónnosti i o re-infekcii sa zatiaľ veľa povedať nedá. Vychádza veľa štúdií, ale sú šité horúcou ihlou a robené na malom množstve vzoriek. Každý kontinent, každý štát má svoje špecifiká. Všetky tieto dielčie informácie postupne dopĺňajú veľkú skladačku, je to ako skladať puzzle,“ hovorí o aktuálnej situácii a netrúfa si predpovedať predikcie do budúcnosti.

Občianskej združenie ŽijemVedu

Viera aktívne pôsobí  ako spoluzakladateľka aj v občianskom združení žijemvedu, o. z. Združenie združuje slovenských vedcov a vedkyne, ktoré chcú prispieť k napredovaniu vedy na Slovensku. Budujú spolupráce so slovenskými vedcami v zahraničí i na Slovensku, súčasťou ich práce je aj budovanie povedomia o potrebe vedy a výskumu v spoločnosti, či poukazovanie na chyby slovenskej vedy a prínos konštruktívnych riešení, ktoré by tieto problémy vedeli vyriešiť.

„Na tento projekt som nesmierne hrdá. Snažím sa na našom facebooku veľmi zjednodušene vysvetľovať nové poznatky o sars a covid-19. Veľmi dobre spracovávajú a vedecko-populárne podávajú informácie aj chalani z Vedátora. Do zábavnej a zjednodušenej formy prezentovania vedeckých poznatkov volá vedcov aj pán Srnka v rámci Nerd night. Ešte by som odporučila verejnosti blogy nadanej mladej vedkyne 16-ročnej Zuzky Hudáčkovej,“ hovorí o možnostiach, kde získať overené informácie.

Pri odpovedaní na otázku, či si myslí, že sa situácia na Slovensku s podporou vedcov po skončení korona krízy zmení, bola skeptická. „Dúfam, inak zas utečiem. Ponuky zo zahraničia, našťastie, stále mám. Priznám sa, že bez istoty možnosti návratu na „západ“, či pomyselných zadných vrátok, by som sa asi nevrátila,“ dodáva na záver.

Spracovala: Michaela Harabišová
Foto: archív Viery Kováčovej, YouTube

Zanechajte komentár

avatar
  Odber  
Upozornite ma na